El convento recién restaurado, dedicado a San Antonio de Padua, lo ocupa la Orden de las Hermanas Pobres de Santa Clara. Según refleja Francisco de Cózar Martínez, en su obra “Noticias y Documentos para la Historia de Baeza”, de 1883, el templo se construyó en 1409 para destinarlo a religiosos claustrales. En esa época fue lego del mismo San Diego de Alcalá. Las monjas todavía conservan el mortero de piedra que se usaba entonces en las labores de cocina. Los religiosos permanecieron en el convento hasta 1493, cuando fueron trasladados a otros monasterios debido a la reforma que llevaron a cabo los Reyes Católicos.  

Al quedar desierto el convento de San Antonio, y ante el estado ruinoso del templo de Santa Clara, las hermanas clarisas franciscanas solicitaron el traslado al convento de San Antonio, que comenzaron a ocupar a finales del siglo XV.

En la capilla de este convento residen dos hermandades de Semana Santa:

• La cofradía de la Stma. Virgen de la Cabeza y Niño Jesús cuya titular mariana recibe culto en una capilla del lado de la epístola.
• La cofradía del Stmo. Cristo de la Buena Muerte cuyo titular preside un altar en el la do del evangelio.