En un principio se pensó en alguna Orden de vida activa (dominicos, jesuitas, etc.), pero con la finalidad de realzar más el culto litúrgico en la Basílica, se optó en 1955 por una Orden monástica, decididamente la Orden benedictina.

Entre 1956 y 1958, el P. Isaac Toribios y el P. Justo Pérez de Urbel dieron los pasos para la plasmación del proyecto, al que se accedió definitivamente ante la insistencia venida de las autoridades del Estado. El 23 de agosto de 1957 se publicó el decreto-ley para la fundación, previo consentimiento del Capítulo General de la Congregación de Solesmes. Por su parte, el papa Pío XII emitió el 27 de mayo de 1958 el breve pontificio Stat Crux, caso único en el siglo XX con respecto a la Orden de San Benito, por el cual, mediante esta intervención oficial de la Santa Sede, se disponía todo lo oportuno para la erección inmediata del monasterio en Abadía dentro de la mencionada Congregación.

En la fiesta del Triunfo de la Santa Cruz, el 17 de julio de 1958, veinte monjes llegados de la Abadía de santo domingo de Silos (burgos) emprendían el inicio de la vida de la nueva comunidad benedictina en el Valle de los Caídos. El 23 de octubre de ese mismo año, el P. Justo Pérez de Urbel recibió en Madrid la bendición abacial.

El número actual de monjes en el Valle es de 23, algunos de los cuales pertenecen al grupo de los fundadores que llegaron en 1958. Su vida está organizada básicamente por un código escrito en el siglo VI, la Regla de San Benito, educadora de generaciones de monjes y uno de los libros que han dejado su huella más profunda en la historia general, y no solo espiritual, de Europa.

La vida de un monje benedictino está centrada en la búsqueda de Dios a través fundamentalmente de la oración y el trabajo: Ora et labora. Por eso, la vocación monástica es contemplativa, pues tiene como objetivo la contemplación de Dios y de las realidades celestiales, sin que por ello se desvincule de la Tierra: es misión del monje interceder ante Dios por las necesidades de la Iglesia y de todos los hombres y atraer las bendiciones divinas sobre ellos