El monasterio está constituido por varios edificios en lo que fueron las casas principales, en la colación de San Antolín, propiedades que les cedió a las monjas Fernando el Católico. El edificio actual está compuesto de dos palacios mudéjares del siglo XIV (de los Suárez de Toledo y los Ayala) y la iglesia de San Antolín convertida en iglesia conventual, de la cual se conserva actualmente el ábside incorporado como cabecera de la nave del evangelio de la actual iglesia.

La iglesia fue reconstruida en tiempos del emperador Carlos V, manteniéndose la portada renacentista, realizada en el reinado de los Reyes Católicos (1500); el interior del templo es de estilo gótico, con artesonado de madera de estilo mudéjar.